来源：中国农业科学院农产品加工研究所
自2019年12月起，新冠肺炎疫情已经肆虐一年有余，全球已有近1.1亿人感染，220万人死亡，防控形势依然严峻。尽管目前瑞德西韦等抗病毒药物已获准用于新冠患者，多国已有针对新冠病毒的疫苗问世，但总体来说，合成的抗病毒药物仍然存在着诸多副作用，疫苗产生的不良反应率仍然较高。在新冠肺炎疫情防控常态化的情况下，研发更安全、更有效的天然药物来抑制新冠肺炎（COVID-19）将是科学界一项重点工作。
近年来，含有2-10个氨基酸的食源性多肽已被证明具有更高的吸收效率和营养功能，包括抗病毒作用，而面对种类繁多的多肽来源和结构，计算机辅助筛选是药物筛选的第一步，但目前在抑制COVID-19的食源性短肽筛选研究中还鲜有报道。本研究在团队前期研究基础上，广泛收集了植物、动物、水产品、真菌类等食源性短肽分子527个；采用分子模拟与分子对接的方法探究了短肽与ACE2、Mpro、RdRp等三个关键靶点的相互作用，通过计算和对比相互作用力，成功筛选出187个能够作用于Covid-19病毒的三个关键靶点的短肽，并获得了79个具有较高非共价相互作用的短肽，其中6个短肽可以同时对这三个靶点有高抑制活性。同时研究发现，短肽抑制三个关键靶点的主要作用力包括静电作用力（盐桥）、氢键、金属作用力、Pi-Pi堆叠作用，抑制活性最高的三个肽PA1、PM1、PR1，其总相互作用力为-330.556 kcal/mol、-366.214 kcal/mol、-870.287 kcal/mol，高于已报道的阳性药物（MLN-4760、Ritonavir、Remdesivir），此外，借助分子动力学模拟，对三个靶点具有高抑制活性的短肽进行系统分析，初步掌握了高抑制活性短肽的结构特点，为基于天然功能成分的Covid-19病毒抑制分子的开发和利用提供支撑。
该成果在线发表在《Biomolecules（二区，4.082）》上，得到了中国农业科学院科技创新工程院所重点任务（CAAS-ASTIP-2020-IFST）项目资助。
